Nach dem Zermahlen werden die Trauben, heutzutage überwiegend in temperaturkontrollierten Edelstahltanks vergoren. Bei den preiswerteren Madeira, meist aus der blauen Sorte Tinta Negra Mole hergestellt, wird der Most vollständig durchgegoren, danach mit gespritetem Traubensaft bis zur gewünschten Süße versetzt, nach der Wärmebehandlung mit 96%igem Weinbrand auf die endgültige Alkoholstärke aufgespritet und zu diesem Zeitpunkt gegebenenfalls auch mit Karamell farbkorrigiert.
Weine aus den edlen Rebsorten werden entsprechend dem gewünschten Süßegrad, – trocken, halbtrocken, halbsüß oder süß -, durchgegoren (Sercial) oder zu entspechend früheren Zeitpunkten (Verdelho, Bual, Malvasia) die Gärung durch
Aufspriten unterbrochen. Dabei werden die Sorten Bual und Malvasia mit den Schalen vergoren, wohingegen bei Sercial und Verdelho nur der von den Schalen getrennte Most zur Vergärung gelangt.
Die sich anschließende Wärmebehandlung hat ausschließlich den Zweck die durch die Reise durch tropische Meere (Vinho da Roda) erzielte Reifung des Madeira nachzuahmen. Grundsätzlich unterscheidet man zwei unterschiedliche Wärmebehandlungen: Estufagem und Canteiro. Mit jeder der beiden Arten wird durch das Erwärmen der Weinzucker zum Teil karamellisiert und man erhält so den typischen malzig-karamelligen Geschmack.
Für Standardqualitäten wird der Wein, mit der Cuba de Calor genannten Wärmebehandlung, in großen Beton- oder Edelstahltanks von 20.000 – 50.000 l, mit Hilfe von heißem Wasser durchströmten Heizschlangen mindestens drei Monate auf 40 – 50° C erwärmt. Eine schonendere Art der Wärmebehandlung, Armazem de Calor genannt, besteht darin, den Wein in 600-Liter-Fässern meist sechs bis zwölf Monate in auf 30 – 40° C beheizten Räumen zu lagern. Diese Art wird vorwiegend für 5-Year-Old (Reserve), aber auch für den schon zu den besseren Madeira gehörenden 10-Year-Old (Old Reserve) verwendet. Bei der Canteiro genannten Methode der Erwärmung reifen die besseren Qualitäten auf den Dachböden der Händler-Lagerhäuser in Fässern verschiedenster Größen. Die Erwärmung erfolgt dabei ausschließlich durch die Sonne, wird nur für die besten Qualitäten verwendet und kann 20 Jahre und mehr andauern.
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