Sauternes werden in der Regel überwiegend aus der Rebsorte Semillon hergestellt. Dementsprechend sind rund 80% der Rebfläche mit dieser Sorte bestockt. Sauvignon Blanc ist nur in wenigen Weinen die dominierende Sorte. Semillon liefert mit seiner guten Struktur und Fülle die Basis des Sauternes, während Sauvignon Blanc (oder auch Sauvignon Gris) würzige und florale Noten, Zitrusaromen und eine ansprechende Säure einbringt. Damit entstehen Weine die süß sind und dennoch frisch wirken. Manchmal gesellt sich dazu noch ein wenig von der zur Komplexität beisteuernden Muscadelle. Alle diese Sorten sind sehr anfällig für Botrytis.
Die Appellationsvorschriften regulieren unter anderem Pflanzdichte, Rebschnitt und Ertrag fest. Die maximal zulässige Menge von 25 Hektoliter pro Hektar wird jedoch meist nicht einmal zur Hälfte erreicht. Zudem ist ein Mindestmostgewicht von 221g Zucker pro Liter festgelegt und vor allem, dass bei den geernteten überreifen Trauben Edelfäule präsent sein muss. Sollte das Jahr allerdings schlecht und die Trauben zu wenig Zucker haben, ist Kryoextraktion erlaubt. Dabei werden die gelesenen Trauben vor der Pressung eingefroren um so den Most zu konzentrieren. Das Verfahren der Kryoextraktion ist quasi die Nachahmung des Prozesses, der natürlicherweise bei der Eisweinerzeugung stattfindet.
Da die Traubensorten nicht alle gleichzeitig von Botrytis befallen werden und außerdem der Zeitpunkt des Befalls von Lage zu Lage unterschiedlich sein kann, zieht sich die Lese über mehrere Wochen mit mehreren Lesedurchgängen hin. Vorgeschrieben sind mindestens drei Durchgänge – man spricht deshalb auch von der Triage – manchmal sind jedoch sechs und mehr Durchgänge nötig um die von Botrytis befallenen Beeren auszulesen. Das Lesegut wird einer sanften, schonenden Pressung unterworfen. Die Gärung im Stahltank oder auch Barrique wird, wenn sie nicht selbst zum Stoppen kommt, durch Zusatz von Schwefeldioxid oder Abfiltern der Hefe unterbrochen. Der Ausbau des Weins erfolgt dann für eineinhalb bis drei Jahre im kleinen Holzfass.